本发明公开了一种使用串联质谱数据鉴定肽的方法，包括步骤：将要被鉴定的肽进行实验碎裂以生成实验串联质谱；将数据库中的多个候选肽进行理论碎裂以生成多个理论串联质谱；用径向基函数核分别计算多个理论串联质谱与实验串联质谱的相似度，该径向基函数包括一指数部分；根据所计算的相似度选取出与实验串联质谱最相似的理论串联质谱所对应的肽作为鉴定结果。本发明的使用串联质谱数据鉴定肽的方法采用径向基函数核来评价多个理论串联质谱与实验串联质谱的相似度，并进一步在径向基函数核的指数部分通过对连续碎片离子的求和来强调连续碎片离子的正相关特性，比现有技术中鉴定肽的方法具有更高的准确率，明显降低了假阳性结果。