本发明公开了一种用于分析酸性环境中微生物群落结构的基因组芯片。该芯片的探针包括至少10株氧化亚铁硫杆菌、至少2株嗜酸氧化硫硫杆菌、至少1株喜温嗜酸硫杆菌、至少1株Acidithiobacillus albertensis菌、至少6株氧化亚铁微螺菌、至少8株异养嗜酸菌、至少1株金属硫叶菌、至少1株嗜酸两面菌、至少1株勤奋金属球菌和至少2株嗜热硫化杆菌的全基因组DNA。这种芯片，能够检测酸性环境中丰度较低的微生物，具有高通量、同时、快速、准确、灵敏地分析酸性环境中微生物群落组成的优点。