本发明的燃料电池系统具备：具有燃料气体流路(1D)和氧化剂气体流路(1E)的燃料电池(1)、燃料气体供给装置(2)、氧化剂气体供给装置(3)、燃料气体排出流路(8)、氧化剂气体排出流路(9)、对燃料气体流路(1D)和氧化剂气体流路(1E)中的任一个提供给检查气体的检查气体供给装置(2)、检测检查气体的流量的流量检测装置(5)、第1流路切断装置(4)、以及控制装置(10)，控制装置(10)控制流路切断装置(4)而切断流路，控制检查气体供给装置(2)将检查气体提供给燃料电池(1)，取得流量检测装置(5)的检测值或检测值变换得到的数值信息构成的气密值。