本发明公开了一种功能化微流控芯片及用于PCR产物分析的方法，该芯片由缓冲液池、缓冲液废液池、进样废液池、样品池、分离通道和进样通道组成，分离通道两端分别连接缓冲液池和缓冲液废液池，进样通道两端分别连接样品池和进样废液池，有效进样通道的长度是0.5～20厘米。本发明方法结合了等速电泳预浓缩和筛分电泳分离，缓冲液中含有尾随电介质和DNA筛分介质，以PCR产物中自含氯离子为前导离子。该芯片只需要引入一种缓冲液，减少了所需电极数目，简化了操作，具有灵敏和快速分析的优势，能够通过提高检测灵敏度有效减少PCR反应时间。本发明可以灵敏、快速和简便地进行PCR产物分析。