本发明涉及一种含硅馏分油加氢精制方法，将含硅馏分油原料和氢气在加氢精制条件下通过至少两个加氢精制催化剂床层，含硅馏分油原料先通过具有捕硅功能的加氢催化剂床层，然后经过常规加氢精制催化剂床层；其中，具有捕硅功能的加氢催化剂具有较大的孔容和比表面积以及相对较低的金属含量。与现有技术相比，本发明方法过程简单，在提高容硅能力的前提下保持了良好的加氢脱硫和加氢脱氮性能，有效地延长了装置的运转周期。本发明方法可以适用于各种含硅的馏分油加氢精制过程。