本发明涉及一种电动自行车控制器参数设置系统及方法，电动自行车控制器参数设置系统包括内部设有存储器的电动自行车控制器，电动自行车控制器的通信端口与电动自行车控制器参数设置终端的通信端口相连接；其方法是在电动自行车控制器和电动自行车控制器参数设置终端之间建立一种通信方式，通过电动自行车控制器参数设置终端向电动自行车控制器发送控制参数表，电动自行车控制器将接收的控制参数表存储到其内部的存储器中。电动自行车控制器。本发明通过一次操作即可完成对电动自行车控制器的全部参数设置，具有操作简单、使用方便的特点，便于电动自行车厂家的设计、生产、维修及管理。