本发明公开一种A型流感病毒流行毒株检测和分型的基因芯片，它包括对H1N1、H3N2、H5N1、H9N2四种亚型进行检测和分型的79条特异性寡核苷酸探针、两条质控探针和载体，两条质控探针为质控探针I和质控探针II，其中特异性寡核苷酸探针和质控探针I分布在载体上，本发明还公开了基因芯片的制备方法，包括以下步骤：步骤一，探针的设计；步骤二，探针的合成；步骤三，芯片的制备。本发明公开基因芯片的使用方法，其特征是它包括以下步骤：步骤一，流感病毒RNA的提取；步骤二，HA和NA基因PCR扩增；步骤三，荧光标记；步骤四，杂交；步骤五，杂交后清洗基因芯片；步骤六，扫描；步骤七，数据分析。