本发明公开了一种全自动串行式荧光PCR检测系统，包括光电阅读器、待测样品装置、核酸处理装置、反应装置、机械手和导轨，光电阅读器与待测样品装置连接，待测样品装置与核酸处理装置之间设置导轨和机械手，核酸处理装置与反应装置之间设置机械手。本发明的全自动串行式荧光PCR检测系统是为实现全自动PCR反应过程而设计的一种温度变化并且采集荧光信息的装置，对传统PCR仪进行了革新性的改进，改变了传统PCR仪批次反应的模式，提出了流水线式的PCR工作模式，提高PCR设备的使用率，整个检测过程实现无人干预，完全自动化，节约了劳力，提高了工作效率，同时也减少了人为因素对检测结果的影响。