胶囊型医疗装置引导系统具备胶囊型医疗装置、磁性引导装置、操作输入部、控制装置以及图像显示装置。胶囊型医疗装置内置拍摄互不相同的摄像方向的图像的第一和第二摄像部以及永久磁铁。磁性引导装置对永久磁铁施加磁场，对被检体内部的胶囊型医疗装置进行磁性引导。操作输入部输入用于操作胶囊型医疗装置的磁性引导的操作信息。控制装置对磁性引导装置进行控制使得与由操作输入部输入的操作信息对应地对胶囊型医疗装置进行磁性引导。图像显示装置显示由第一摄像部拍摄的被检体的第一体内图像和由第二摄像部拍摄的被检体的第二体内图像，并且明确示出第一体内图像和第二体内图像中的哪一个是对胶囊型医疗装置进行磁性引导时的操作对象图像。