本发明公开了一种检测黄牛Six6基因单核苷酸多态性的方法，以包含Six6基因的待测黄牛全基因组DNA为模板，以引物对P为引物，PCR扩增黄牛Six6基因；用限制性内切酶HhaI消化PCR扩增产物之后，再对酶切后的扩增片段进行聚丙烯酰胺凝胶电泳；根据聚丙烯酰胺凝胶电泳结果鉴定黄牛Six6基因第2015位的单核苷酸多态性；由于Six6基因功能涉及日增重、体高、体重、体斜长、坐骨端宽等生长性状，本发明提供的检测方法为Six6基因的SNP与生长性状关系的建立奠定了基础，以便用于中国黄牛肉用生长性状的标记辅助选择(MAS)，快速建立遗传资源优良的黄牛种群。