本发明提供一种基于应用特征的异构集群作业自适应调度方法和系统。其中，调度方法包括以下步骤：作业调度服务器收集异构集群的各个节点的硬件信息并根据各个节点的硬件信息将各个节点分成具有不同特征的节点组；作业调度中间件查询数据库中是否存储有当前提交的作业的运行特点；如果有，作业调度服务器根据运行特点将当前提交的作业提交到相应特征的节点组去运行；如果没有，作业调度服务器将当前提交的作业提交到任意节点组去运行，作业调度中间件记录当前提交的作业的运行数据并根据运行数据分析运行特点，将当前提交的作业的应用类型和运行特点存储到数据库中。本发明的方法和系统可以提高高性能软件的效率，提高异构集群的使用效率。