本发明涉及一种深度处理皂素废水的工艺。生态塘-表流型湿地复合系统深度处理皂素废水的工艺，其特征在于它包括如下步骤：1)经水解酸化-内电解-UASB-接触氧化系统处理后的皂素废水首先自流进入生态塘；皂素废水在生态塘内停留时间为7～8天；2)皂素废水在生态塘处理后，自流进入表流型湿地，停留时间为4～5天；所述表流型湿地内种植有香蒲、菖蒲、黄花鸢尾、千屈菜、再力花和美人蕉；3)皂素废水经表面流湿地净化后，进入水质稳定塘，停留时间为2天；水质稳定塘种植有睡莲、萍蓬草、苦草和光叶眼子菜；水质稳定塘的出水回用或排放；水质稳定塘的出水COD、NH3-N、TP和色度分别为54mg/L、8.4mg/L、0.05mg/L和4倍。该工艺能深度处理除皂素废水中COD、NH3-N、TP以及色度。