本发明涉及一种应用于阵列毛细管电泳的自动进样装置。该装置分为毛细管进样端缓冲液槽和清洗槽、毛细管出口端密封槽、气体压力控制器和二维运动控制部分。该装置可实现以下功能：利用微型真空泵和压力缓冲腔组合，精确控制阵列毛细管两端的压力差和进样时间，保证进样量的重复性；同时能在进样后对毛细管外壁进行清洗，消除样品残留；还可实现缓冲溶液的自动更换和样品位、缓冲液位、清洗位的自动对准。利用该进样装置可为CAE提供全自动的、可靠的、重复的进样方法，消除人为误差，为CAE获得准确有效的定量数据提供必要的前提。