本发明属于医药生物技术领域，公开了一种密码子优化的EV71 VP1基因及其核酸疫苗。该EV71 VP1基因兼顾了哺乳动物细胞和大肠杆菌密码子使用偏好，序列为SEQ IDNO.1。在此基础上，将该基因插入到真核表达载体中，构建了核酸疫苗Vector/VP1、Vector/tPA-VP1及Vector/VP1-tandem，三种VP1 DNA疫苗经真核细胞表达和动物免疫验证，均能够较好的表达VP1蛋白，并刺激产生了特异性抗体，体现了良好的免疫原性。