本发明公开了一种保护Java软件程序的方法，该方法首先采用对称加密算法将Java软件程序中需要保护的类文件用密钥K进行加密，得到该类文件的密文，并采用非对称加密算法将该密钥K用智能密钥装置的公钥PK进行加密，得到该密钥K的密文K’，然后将该类文件的密文和该密钥K的密文K’存入智能密钥装置中；最后，将不包含该需要保护的类文件的Java软件程序与该智能密钥装置一同提供给用户使用。应用本发明能够提高对Java软件程序的保护强度，实现有效的软件版权保护。