本发明涉及一种用于黄连素制药废水处理的连续流好氧颗粒污泥膜生物反应器。反应器分为主反应区5和污泥颗粒化与膜分离区6，中间由穿孔隔板17隔开。主反应区5底部安装微孔曝气盘9，为反应器内生化反应供氧，污泥颗粒化膜分离区底部安装曝气管8，为膜表面提供冲刷，微孔曝气盘9和曝气管8共同为好氧颗粒污泥的形成与维持提供剪切力。污泥颗粒化与膜分离区内放置中空纤维膜组件7。反应器采用连续式操作方式，废水由进水泵1注入反应器，处理后废水经膜组件7由抽吸泵16连续抽吸出反应器。本发明将膜生物反应器和好氧颗粒污泥反应器结合，在连续流反应器中实现了好氧颗粒污泥的培养和稳定化运行；通过污泥的颗粒化，提高了微生物对废水中黄连素的耐受性，可实现废水中高浓度有机物、黄连素和氨氮的同步高效去除。