本发明一种沉井与桩组成的桥梁复合基础及施工方法，涉及桥梁技术。复合基础由沉井和桩组成，沉井隔墙为纵横向墙体结构，在隔墙交界处有沉桩预留孔，钢管桩或混凝土打入桩通过该孔下沉。施工方法：首节沉井制作、浮运到桥位设计位置定位，井壁及隔墙中灌水下沉，节段接高，直到沉井着床，沉井井壁及隔墙中浇筑混凝土。沉井吸泥下沉，继续接高，当沉井接高至设计标高后，浇筑沉井封底混凝土。在沉井外周抛石防护，井孔中抽水或填芯，施工沉井顶板。沉桩预留孔中沉桩后，在预留孔内浇筑混凝土，实现沉井与桩的连接。本发明的桥梁复合基础，适用于深水软土地基，既能发挥沉井刚度大、作为桩基施工围护结构的优势，又能发挥桩基控制沉降的特点。