本发明提供了一种少动鞘氨醇单胞菌的八氢番茄红素脱氢酶基因的DNA序列和该酶缺失的重组菌株及其应用。所述少动鞘氨醇单胞菌(Sphingomonas sp.)的八氢番茄红素脱氢酶基因(crtI)，具有SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列。本发明提供的少动鞘氨醇单胞菌八氢番茄红素脱氢酶基因(crtI)的DNA序列为少动鞘氨醇单胞菌类胡萝卜素生物合成途径进行遗传改造奠定基础。另外，本发明通过基因敲除的方法构建的八氢番茄红素脱氢酶缺失的少动鞘氨醇单胞菌重组菌株与野生型菌株相比，结冷胶产量不变且不产黄色素，减少了结冷胶提取时乙醇或异丙醇的用量从而降低了结冷胶的生产成本，同时，该菌株还可以应用于进一步的基因敲除或代谢工程改造。