本发明涉及一种存储操作系统的升级方法，包括以下步骤：1、开发人员在本地相同版本软件系统、相同硬件配置的平台上，对存储操作系统进行修改；2、制作patch.fs文件；3、用户在任意一台与磁盘阵列相连的普通终端上，将暂时存放在终端上的patch.fs文件上传到磁盘阵列；4、上传后的patch.fs文件先被放置在内存，然后由后台进程控制，将其移动到一个临时文件夹下，然后执行该文件所代表的用户空间内容的挂载操作，并依据挂载结果进行处理；5、在patch.fs文件更新成功后，对磁盘阵列进行重启，在启动引导阶段，利用文件系统支持union mount的特性完成软件升级。本发明实现软件升级的文件占用空间小并且安全性高。