本发明公开的提高微生物燃料电池阴极氧传质效率的方法是在燃料电池的阴极室内设置一个导流机构，并使燃料电池的阴极电极位于导流机构内，或将燃料电池的阴极室自身缩小使之同时具备导流机构功能，且曝气机构位于导流机构下方，并通过曝气机构向导流机构内通入泡状流或弹状流的氧化剂气泡。本发明还公开了根据该方法设计的微生物燃料电池。由于本发明在阴极使用导流机构增强了阴极曝气强度，增加阴极液溶解氧浓度，同时达到扰动阴极液、加快阴极液循环流动和增大质子向电极的传质速率的目的，从而有效地提高了阴极反应效率，且可以保证阳极室的厌氧条件，增加了燃料电池的产电能力。