本发明涉及种偶联荧光素的纳米磁珠及制备方法。该方法具体是将苯胺与盐酸溶液混合，将γ-氧化铁加入到混合溶液中，不断搅拌，在此过程中苯胺缓慢加入过硫酸铵，继续搅拌，抽滤，用二次水和乙醇洗涤到滤液无色，然后用氨水去掺杂，得本征态聚苯胺，将产物抽滤，用二次水洗涤到滤液无色，真空干燥，得到γ-氧化铁/聚苯胺；再将γ-氧化铁/聚苯胺与荧光素钠加入到质子酸溶液中，搅拌、抽滤，用水洗涤至滤液为无色，真空干燥，获得偶联荧光素的纳米磁珠。本发明提供的荧光示踪的纳米磁珠，能够检测涉及纳米磁珠的动物试验中复杂体内环境中纳米磁珠的分布状况；在进一步的医学应用阶段，也可用于纳米磁珠药物的示踪，确定该药物的作用部位与浓度。