本发明涉及酸奶加工领域，具体地，本发明涉及一种功能性长保质期酸奶及其制备方法。根据本发明的功能性长保质期酸奶，其制备方法包括以下步骤：1)将原料混合均匀，脱气、均质和杀菌；2)加入发酵菌种，发酵，灌装，后熟得到成品；3)将步骤2)中成品辐照杀菌，辐射剂量为3～6kGy，得到功能性长保质期酸奶；所述的步骤2)中的发酵菌种包括婴儿双歧杆菌。本发明以辐射剂量为3～6kGy进行辐照灭菌，不但可以将延长酸奶的保质期，同时在酸奶中添加婴儿双歧杆菌，赋予产品抗肿瘤功能。通过本发明的制备的酸奶，具有良好的组织状态、口感、风味，而且在6个月的贮存期内，色泽、口感、风味、组织状态上的变化不大，具有良好的稳定性。