本申请实施例公开了一种基于联机事务处理系统OLTP的数据删除方法、系统及图形数据库服务器，该方法包括：接收客户端通过调用应用程序编程接口API传输的数据删除命令，所述数据删除命令中包含事务标识、节点名称和过滤条件；根据所述事务标识查找事务记录，并将所述节点名称添加到查找到的有效事务记录中；根据节点名称查找节点属性状态信息表，从所述节点属性状态信息表中获取符合所述过滤条件的数据记录；逐条删除所述符合过滤条件的数据记录。应用本申请实施例可以实现一个事务所涉及的在多个节点上的数据记录删除，保证数据删除的同步性和完整性；并且当事务失效时，可以通过回滚操作进行数据恢复，保证数据库的完整性。