本发明公开了一种燃料电池内部热流密度分布的测量方法，是在燃料电池石墨流场板相邻流道之间的筋上，采用真空镀膜技术设有一定数量的薄膜热流计，来进行燃料电池内部热流密度分布的测量。单个薄膜热流计是在石墨流场板的筋上蒸镀七层薄膜形成的，薄膜热流计的镀层是根据掩膜的形状而定的，第一层镀二氧化硅绝缘层，第二、三层镀金属薄膜热电偶，第四层镀二氧化硅热阻层，第五、六层镀金属薄膜热电偶，最后一层镀热流计测头的保护层。薄膜热流计的引线是在石墨流场板的筋上利用印刷电路工艺延伸至流场板的边缘，并设有与外电路相连的标准接线口。该测量方法简单，加工制作容易，测量准确，使用方便。