本发明公开了一种离子注入系统，其包括：一离子源和一引出装置；在该离子束的传输路径上依次设有：一质量分析磁铁，用于从该离子束中选择一预设能量范围内的离子束；一校正磁铁，用于校准和聚焦该预设能量范围内的离子束；一工件扫描装置，用于使工件扫描穿过该预设能量范围内的离子束，以进行离子注入；一设于该校正磁铁上游的扫描磁铁，用于扫描通过的离子束；一设于注入工位处的束流测量装置，用于在离子束的扫描方向上测量束流的强度分布和角度分布。本发明还公开了一种利用上述离子注入系统实现的离子注入方法。本发明能够同时实现离子注入的角度均匀性和强度均匀性，且离子束传输效率较高、生产效率也较高。