本发明涉及的是微生物领域，具体的说是一种复合微生物肥料及其制备方法。复合微生物肥料为复合微生物发酵液和包埋剂组成，按体积份数比计，复合微生物发酵液∶包埋剂＝1∶5-1∶4；所述复合微生物发酵液为产朊假丝酵母、乳酸链球菌、嗜酸乳杆菌、枯草芽孢杆菌的共同培养物与慢生大豆根瘤菌、生脂固氮螺菌、沼泽红假单孢菌、巨大芽孢杆菌、胶质芽孢杆菌和圆褐固氮菌的单一培养液复合而成。通过本发明包埋后复合微生物可稳定贮藏60天以上，微生物总量保持在每克20亿以上，并可有效提高在土壤中的定植量和肥效时间。