本发明利用稻草生产生化黄腐酸的方法，包括1)配备稻草秸杆和养分；2)稻草秸杆软化处理：3)第一阶段微生物发酵；4)第二阶段微生物发酵：5)制备黄腐酸。本发明方法是以稻草秸秆为原料，筛选高效菌群组合，采用机械软化处理—两段式微生物发酵工艺进行深度发酵，将稻草中的大分子碳水化合物降解成小分子活性黄腐酸类化合物。采用机械破碎处理解决了稻草生物降解中特殊屏障结构的保护作用；同时，通过两段式发酵有效解决了不同菌群对空气的需求差异，有助优势菌群的培养，大大缩短了发酵周期，加强了发酵深度，大大提高了发酵效率和黄腐酸收率。