本发明公开一种Lua脚本热更新方法及系统，以提高系统的运行稳定性。其方法包括：Lua脚本管理器加载Lua脚本，并通过Lua虚拟机链接及解释Lua脚本，在加载Lua脚本时将需要的数据结构初始化并将初始数据保存在全局数据管理器中，以及在Lua虚拟机中命名Lua脚本的第一模块名；当Lua脚本出现故障时，Lua脚本管理器将该故障Lua脚本相应的第一模块名置为空，并卸载该故障Lua脚本；在该故障Lua脚本的业务逻辑修复后，使令Lua脚本管理器重新加载修复后的Lua脚本，Lua脚本管理器在Lua虚拟机先前置空的与该故障修复后的Lua脚本相对应的第一模块名中重新写入该Lua脚本的模块名。