本发明公开了一种制备手性2-羟甲基吗啉类化合物(I)的新方法。其步骤包括以手性氯甘油为起始原料，通过其与苄胺的反应生成手性的3-苄胺基1，2-丙二醇(II)，所得到的(II)酰化生成相应的手性的N-卤代乙酰基-N-2，3-二羟基丙基-苄胺(III)以及手性的N-卤代乙酰基-N-(2-羟基-3-卤代乙酸酯基丙基)-苄胺(III’)的混合物经关环，还原，氢化得到手性的2-羟甲基吗啉(Ia)，所得到的(Ia)在胺基上进行相应的保护后生成对应的手性的2-羟甲基-N-取代-吗啉(I)。该方法所用的试剂简单安全，步骤短，每步反应的收率高，中间体提纯方便，目标产物纯度高，极其适合工业化生产。