本发明公开了一种收集蓝藻净化水质的方法，采用在水体内放养食藻鱼类，其特征在于，在控藻水域内设置多个均匀分布的用于放养食藻鱼类的网箱，在每个网箱的底部设置由密网制成的鱼粪收集器，所述食藻鱼类被放养在网箱中，在网箱所在水域边界设置一个鱼类漂浮藻粪拦截网。本发明通过在局部水域通过设置鱼类藻粪拦截网、鱼类拦截捕获蓝藻模块、生态浮岛水质净化模块，以有效控制水源地蓝藻生物量，有效减少水体中的N、P含量，改善水质、提高用水安全、并且在经济上能获得循环支撑。