本发明公开了异型玻璃切割机的自动对位系统及自动对位方法，其系统包括工作台和切割机构，切割机构位于工作台的上方，其中，还包括CCD视频捕捉装置、支架、第一电机、第二电机和控制器；所述CCD视频捕捉装置、第一电机和第二电机分别与控制器连接，CCD视频捕捉装置装设在支架上，该支架架设在工作台上。本发明提通过CCD视频捕捉装置捕捉工件的marker点坐标，然后由控制器根据该marker点坐标产生一个浮动坐标，从而根据该浮动坐标驱动第二电机转动，使切割机构沿X轴方向移动，从而实现工件的自动对位。该对位方式的精度非常高，同时还提高了异型玻璃切割机的工作效率。