本发明公开一种穗花牡荆提取物的制备方法及用途。一种穗花牡荆提取物的制备方法，称取若干重量的穗花牡荆干果实，按照每千克穗花牡荆干果实需要8~20L乙醇溶液的比例，称取乙醇溶液，其中，所述乙醇溶液的浓度为30-95%，采用冷浸、温浸、渗漉、加热回流或CO2超临界萃取进行提取，过滤、浓缩、除杂、干燥后，即得穗花牡荆提取物。采用本发明公开方法制得的穗花牡荆提取物中总黄酮含量较高，且检测含有紫花牡荆素。所得穗花牡荆提取物可用于制备治疗或辅助治疗经前期综合症和更年期综合症的药物或保健食品。