本发明公开了一种利用分子标记辅助筛选抗条锈病小麦的方法及其专用引物。本发明提供的辅助筛选抗条锈病小麦的引物对序列见引物序列表(表1)。本发明提供的辅助筛选抗条锈病小麦的方法在常规育种为基础上进行的，并不影响育种家的选育过程，只是在F2和F6代时，经育种家选择之后，利用所述引物对候选单株进行分子标记检测，仅保留含有所述两个抗条锈病基因的单株，从而帮助育种家更高效的选出含有多个抗条锈病基因的优良株系，提高所选株系抗病的持久性。本发明在小麦品种周8425B中发现了一个新的抗条锈病基因Yrcaas及其专用引物，该基因位于小麦1B染色体上，定位于SSR标记Xbarc8和Xgwm582之间，这两个标记可用于辅助抗条锈病育种工作中。本发明的抗病基因的专用引物将在小麦抗病育种中发挥重要作用。