本发明公开了一种高活性蚓激酶的制备方法，其包括以下步骤：(1)将蚯蚓洗净，加入磷酸盐缓冲液，捣碎，过滤取滤液，再离心，取上清液；(2)超滤，得到粗酶液；(3)硫酸铵分级沉淀，用磷酸盐缓冲液溶解沉淀，得到酶液；(4)将酶液上Sephadex G-25柱纯化；(5)再上DEAE-纤维素柱纯化，得到高活性蚓激酶。本发明以餐厨垃圾干粉喂养蚯蚓，再从蚯蚓中提取蚓激酶，实现了餐厨垃圾资源化利用和附加值的转移；对传统的酶分离纯化方法进行改进优化，提取纯化的蚓激酶比酶活达42000U/mg，达到制药用酶的要求；本发明方法具有操作简便、成本低廉的特点，易于工业化放大生产。