本发明公开了一种壁板自动钻铆装配多点柔性定位方法及其工装，将组成壁板的长桁和蒙皮在自动钻铆系统工装上定位，通过调整定位工装的各个自由度来调整长桁和蒙皮的位姿，然后制长桁与蒙皮连接的预定位孔；蒙皮拆卸下架，对蒙皮和长桁上的预定位孔进行去毛刺和除屑操作，涂长桁与蒙皮间的缝内胶；重新将蒙皮定位，在预定位孔处安装预定位钉；逐一拆除预定位钉的同时逐一在预定位孔中铆接铆钉后将壁板在多点柔性定位工装中拆卸下架。本发明实现了定位点的柔性调整，不需要专用工装，缩短了装配周期短，节约了工装成本，并且能够快速响应不同型号壁板的装配要求，能够显著提高装配效率，具有较高的自动化程度和装配准确度。