一种赤藓糖醇制备工艺，属于功能糖生产技术领域。该工艺使用活性炭脱色技术，脱蛋白、脱小分子物质的专用活性炭和阴阳离子交换树脂对发酵液进行精制提纯，其工艺步骤包括：（1）透析液制备、（2）脱色、（3）除味、（4）净化、（5）蒸发、（6）结晶、（7）结晶、分离、烘干得到结晶赤藓糖醇。本发明缩短了生产周期，提高了工作效率；较少了生产中蒸汽、电的消耗，降低了生产成本；发酵液经精制提纯后再浓缩结晶，减少了料液中的杂质，有利于提高结晶收率和产品质量，可以提高分离后的母液质量及再利用性，降低生产成本。