本发明提供一种电源转换器的频率抖动控制器，包括第一与第二电容单元、第一与第二充放电控制单元、比较单元，以及控制单元。第一与第二电容单元反应于第一与第二充放电控制单元的运作，而于充电期间被充电至交会电压，并于放电期间分别被放电至参考电压与箝位电压。比较单元用以输出脉冲讯号，并于充电期间比较第一与第二电容单元的电压，而于放电期间比较第一电容单元的电压与参考电压。控制单元依据脉冲讯号产生频率抖动控制讯号来调整第二电容单元的电压的上升速率，以改变脉冲讯号的频率，从而降低切换电源转换器中开关元件所产生的电磁干扰。