本发明公开了一种掩味缓释大蒜素复合微囊的制备方法，以大蒜素/有机凹凸棒黏土复合物为囊心，与海藻酸钠复合，所得复合物采用复凝聚法制备海藻酸钠/壳聚糖微囊。本发明利用有机凹凸棒黏土对大蒜素的吸附力和亲和力，掩蔽臭味，提高微囊的载药量和包封率；利用海藻酸钙凝胶的pH依赖性及凹土的粘膜保护作用，保护胃粘膜不受大蒜素的刺激，同时发挥大蒜素和凹土对肠道内病菌的协同作用，使之成为肠溶性药物载体材料；另外，利用有机凹土对大蒜素的滞留作用，以及壳聚糖的缓释性能，减缓微囊中药物的释放，提高微囊的缓释性能；本发明的制备方法简单，无污染，可用于多种药物的缓释载体材料。