本发明提供一种基于FPGA的异物排斥控制系统及其控制方法，所述控制系统包括：异物检测信号发出装置、FPGA芯片和排斥装置；所述FPGA芯片包括：信号接收单元，用于接收所述异物检测信号发出装置发出的异物排斥信号；计时单元，用于在所述信号接收单元接收到任一异物排斥信号后，针对任一个所述异物排斥信号开始延迟计时并设立延迟时间T1；信号触发单元，在所述计时单元针对任一个所述异物排斥信号的延时时间T1计时结束后产生异物排斥控制信号至所述排斥装置以进行排斥作业，得以将检测为具有异物的产品排斥出生产线。相较于现有技术，上述异物排斥技术具有延时计时精确、实时性的优点，可以同时实现连续快速且精确地排斥，并可确保生产进度不受影响。