本发明公开了一种高纯度紫菜多糖的酶辅助提取方法，属于生物医药领域。将紫菜烘干、超微粉碎后得紫菜粉末，将粉碎后的紫菜粉末进行超临界CO2萃取(萃取压力为31MPa，温度50℃，萃取3小时，分离压力5.6MPa，温度55℃)脱脂，然后脱脂后的紫菜粉末用50倍的纯水混匀，加入0.5％木瓜蛋白酶于70℃下提取3.5h，5000rpm离心15min弃滤渣，提取液旋转蒸发浓缩至原体积的1/4，加入80％的三氯乙酸(TCA)至溶液总体积的2％混匀之后置溶液于70℃水浴锅中反应20min除蛋白，5000rpm离心30min除去沉淀，去离子水中透析48h除去三氯乙酸，收集透析液，然后缓缓加入4倍体积的95％乙醇，4℃下醇沉12h，5000rpm离心10min，弃去上清液，沉淀分别用无水乙醇、丙酮、乙醚洗涤三次后，55℃烘箱中烘干即得紫菜粗多糖。采用木瓜蛋白酶法提取技术得率为26.07％，纯度达到了84.32％，与热水浸提相比，时间缩短了50％，得率提高了46％。所得的紫菜多糖可广泛用做药品和保健食品的基料。