本发明涉及一种频域自适应滤波消除管道堵塞声信号强干扰的方法，包括步骤1)在管道中设置主传感器，在接近泵机处设置参考传感器，同时采集声波信号；2)向监测系统输入主传感器和参考传感器声波信号；3)对输入的低频声波信号提取其频域谱；4)对信号的频域谱进行估计，设定阈值；5)当频谱高于阈值时，启动自适应滤波器消除掉强干扰频谱；6)利用傅里叶逆变换，得到消除强干扰信号后的时域低频堵塞回波信号。系统采用干扰抵消滤波器，对频域谱采用自适应算法逐步迭代更新，所需存储的数据量较小，极大地提高了系统的反应时间。系统施工方便，可靠性强，检测速度快，并且对管道正常生产运行没有影响，可以在线监测油气管道的堵塞情况。