一种同时进行硫酸盐还原和反硝化的厌氧细菌的分离方法，它涉及一种厌氧细菌的分离方法。本发明解决了现有分离同时进行硫酸盐还原和反硝化的厌氧细菌的方法分离周期较长、不易获得纯菌株的问题。方法：一、提取DNA、PCR扩增；二、分离培养、纯化培养和富集培养；三、PCR扩增；四、分离培养、纯化培养和富集培养；五、PCR扩增；六、分离培养、纯化培养和富集培养即得到同时进行硫酸盐还原和反硝化的厌氧细菌。本发明的分离方法，与现有厌氧同时硫酸盐还原和反硝化细菌的分离方法相比，周期缩短了40%~50%，工作量小，周期短；本发明的分离方法得了目的菌株的纯菌株，且对硝酸盐和亚硝酸的降解效果好。