本发明公开了一种基于MCSKPCA的神经网络模拟电路故障诊断方法，包括以下步骤：步骤1：采集被诊断模拟电路的输出电压信号；步骤2：对采集的输出电压信号进行小波变换；步骤3：计算输出电压信号经小波变换得到的小波系数的能量特征值；步骤4：将所述的能量特征值进行MCSKPCA的特征提取和降维处理得到最优特征向量；步骤5：将所述的最优特征向量送入BP神经网络分离器中，由BP神经网络分离器输出故障诊断结果。该方法不但可以用于线性和非线性电路及其系统的诊断，同时也可以用于诊断所述电路中的硬故障和软故障。