本发明公开了一种交流纹波信号的滤除电路及方法，其方法包括步骤S1：对微控制器进行初始化；步骤S2：设置中断控制，在中断等待时间内启动采集输出信号，并对采集的输出信号进行AD转换；步骤S3：监测AD转换是否结束，否则结束接续步骤S2，是则执行步骤S4；步骤S4：根据采样得到的输出信号计算需要控制的电压与实际输出电压的误差值；步骤S5：通过比例积分调节误差值，以求得场效应管开关的时间；步骤S6：微控制器根据求得的时间控制输出的PWM信号的占空比，驱动模块根据PWM信号控制场效应管的开和关。采用本发明可有效地滤除交流工频信号的干扰且不会产生高频的EMI辐射。