本发明公开了一种防护林体系垂直配置方法，涉及林业垂直配置技术领域。该方法包括步骤：S1.根据待配置区域的植被分布情况，对候选建群物种进行聚类分析；S2.根据步骤S1的聚类分析结果，确定所述区域的防护林体系垂直配置。本发明的防护林体系垂直配置方法，由于根据该区域的植被分布情况对候选建群物种进行k-均值聚类分析，在任一环境因子梯度上，候选物种被分为3-5个簇，并根据每个组群的分布特点，选定最佳分布物种，进而确定出该区域防护林体系垂直配置，能够合理的确定出该区域防护林体系垂直配置。