一种利用乳酸工业废弃物生产复合微生物肥料的方法，包括以下步骤：首先，将乳酸渣提前进行酸化中和处理，然后使用酵母菌发酵处理，接着陈化、粉碎；其次，将腐植酸、秸秆灰、碳酸氢铵或/和过磷酸钙、水进行沤化处理得到沤化物料；最后，将处理过的乳菌渣、沤化物料与造粒辅助剂、植物生长调节剂混合，然后造粒、烘干、冷却、筛分，筛分之后的肥料颗粒通过喷涂包裹工艺加入微生物菌，最后进行防结块处理。本发明采用酵母菌发酵，解决了烘干处理成本高的问题；采用在筛分之后进行喷涂包裹工艺，解决了菌种经过烘干工序大量死亡的难题。