该发明涉及含有乳酸菌的微生物复合制剂及其加工制作工艺。本发明所述的微生物复合制剂含有乳酸菌发酵培养物，以乳酸菌作为有效成分，所述微生物复合制剂中乳酸菌的活菌数大于6.5×1010cfu/g，平均粒径为10μm以下。所述乳酸菌发酵培养物是在含有多孔淀粉3％-5％、脱脂奶粉4％-5％、脱脂大豆粉5％-7％、香蕉粉4％-6％、木瓜粉3％-5％、谷氨酸苏打1％、葡萄糖1％-2％、食盐0.8％的发酵培养基中培养获得。本发明生产工序简单，生产成本低。本发明的微生物复合制剂可以制成药物制剂、保健品、食品及营养补充剂，并可作为饲料添加剂中的核心功能成份，用途非常广泛。