本发明构建了一种用于控制有性繁殖植物外源基因生物安全隐患的新型基因自动删除双元系统(Gene-Auto-Excision Binary System，GAEBS)。主要利用转录激活系统(transcription system)作为分子开关控制重组酶删除系统，一方面维持了位于重组酶识别位点之间的重组酶基因在植物有性世代中沉默，实现“GM-gene-deletor”技术导入的外源基因在亲本植物有性世代中的稳定遗传；另一方面通过将分别携带效应子元件和激活子元体的亲本植物进行杂交的方式，使转录激活系统的两个相互配合的元件合拢，从而呈现转录激活因子活性的同时，利用植物组织特异性启动子启动重组酶的表达进而实现外源基因的删除，获得安全的转基因植物，解决外源基因可能带来的生物安全隐患问题。