本发明公开一种粮食收购发票管理系统及方法，该系统包括：一农户结算卡，所述的农户结算卡用于在商业银行领取卖粮款和财政补贴款，并记录粮食销售的相关信息；一粮食购销企业受理单元，其读取所述农户结算卡的基本信息，并将卖粮信息写入所述农户结算卡内；一粮食经纪人受理单元，其所述农户结算卡的基本信息，并将卖粮信息写入所述农户结算卡内；一粮食收购数据管理平台，其接收所述粮食购销企业受理单元及粮食经纪人受理单元上传的数据，并对数据进行管理；一粮食收购发票管理单元，其接收所述粮食收购数据管理平台的粮食收购数据及粮食购销企业或粮食经纪人上报的收购发票，并将上述数据进行对比。本发明可防止虚开粮食收购发票。