本发明公开了一种由混二酸二甲酯精制分离制备二元醇的方法，先将混二酸二甲酯在相互串联的四个精馏塔内依次精馏分离，各精馏塔的真空度和温度自第一精馏塔开始依次升高，制备出丁二酸二甲酯、戊二酸二甲酯和己二酸二甲酯，然后将所述丁二酸二甲酯、戊二酸二甲酯和己二酸二甲酯与氢气在三个相互并联的加氢反应器内分别加氢反应制备成1,4-丁二醇、1,5-戊二醇和1,6-己二醇粗品，将所述粗品分别经脱色并过滤后得到产品1,4-丁二醇、1,5-戊二醇和1,6-己二醇。本发明采用一种原料制备出三种二元醇，节约了原料的多元化采购，减少了设备的投资，简化了生产流程，降低了生产成本，生产的产品收率高、纯度高，而且生产工艺环保。